Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
HDAC4P56524 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.83■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
HDAC4P56524 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms