Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH3P20585 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH3P20585 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH3P20585 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH3P20585 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH3P20585 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH3P20585 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH3P20585 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
MSH3P20585 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH3P20585 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH3P20585 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH3P20585 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH3P20585 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH3P20585 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH3P20585 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
MSH3P20585 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH3P20585 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH3P20585 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH3P20585 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
MSH3P20585 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH3P20585 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH3P20585 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH3P20585 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH3P20585 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH3P20585 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH3P20585 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
MSH3P20585 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH3P20585 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH3P20585 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH3P20585 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH3P20585 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH3P20585 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH3P20585 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH3P20585 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH3P20585 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
MSH3P20585 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH3P20585 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH3P20585 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH3P20585 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH3P20585 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH3P20585 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH3P20585 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH3P20585 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH3P20585 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
MSH3P20585 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
MSH3P20585 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
MSH3P20585 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH3P20585 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH3P20585 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH3P20585 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH3P20585 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH3P20585 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH3P20585 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH3P20585 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH3P20585 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
MSH3P20585 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSH3P20585 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSH3P20585 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
MSH3P20585 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
MSH3P20585 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSH3P20585 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
MSH3P20585 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms