Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 TBC1D3J-201ENST00000620719 1426 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 ILF2-205ENST00000615950 1906 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 FCRLB-201ENST00000336830 1193 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 FCRLB-202ENST00000367944 1172 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 FCRLB-203ENST00000367945 1131 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 KAZN-204ENST00000400797 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 RPL3-202ENST00000401609 1289 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AHNAK-205ENST00000530124 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AP000911.1-202ENST00000532706 543 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 YRDCP1-201ENST00000621419 643 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 DDX5-235ENST00000630471 473 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 MBD3L2B-201ENST00000636986 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 TOB1-AS1-201ENST00000416263 1351 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 LINC00665-203ENST00000438368 1863 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 VWCE-205ENST00000535710 1437 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 GPN3-201ENST00000228827 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 ASGR1-201ENST00000269299 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 CALCA-203ENST00000396372 581 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AC104784.1-201ENST00000473096 294 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AC026803.1-201ENST00000569130 274 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AC008736.2-201ENST00000587554 516 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 DYRK1B-208ENST00000601972 772 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AL109837.1-201ENST00000603272 613 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 DIRAS2-201ENST00000375765 4386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 PPIL3-201ENST00000286175 1370 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
CHFRQ96EP1 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
CHFRQ96EP1 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.1 ms