Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 RPS6KC1-208ENST00000614059 4188 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PKN2-201ENST00000316005 2632 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TCOF1-202ENST00000377797 5095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 DNAH14-204ENST00000366849 2215 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 EIF4G1-219ENST00000435046 4668 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TCAIM-201ENST00000342649 3687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 VCAN-211ENST00000513984 1825 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SLC7A8-212ENST00000529705 1819 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ZNF275-201ENST00000370249 5920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MOCS1-201ENST00000340692 2747 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 DDR1-271ENST00000513240 2882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TNIK-202ENST00000341852 4727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 INHBA-205ENST00000638023 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SMARCA4-202ENST00000413806 5512 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 NAALADL1-204ENST00000358658 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PEAR1-202ENST00000338302 4970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SATB2-211ENST00000614512 4972 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 DPY19L2P2-201ENST00000312132 4078 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 FAM47E-STBD1-204ENST00000515604 3029 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TPD52L2-202ENST00000346249 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MCM3AP-AS1-203ENST00000421927 2280 ntTSL 2 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SATB2-201ENST00000260926 5318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 IRAK4-212ENST00000551736 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PEX26-205ENST00000610387 3924 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SYNRG-225ENST00000619541 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 NFS1-203ENST00000374092 3012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 GAS2L1-209ENST00000618518 3382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 DLGAP1-201ENST00000315677 6683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 FP565260.2-201ENST00000623476 1599 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 TRIM67-201ENST00000366653 3936 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 SCARF1-201ENST00000263071 3443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 STX18-AS1-207ENST00000610009 2406 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 KRT8P14-201ENST00000414254 1442 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 KIF19-202ENST00000389916 3643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 RBPMS-202ENST00000320203 3110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 MORC4-202ENST00000355610 3834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC13.08□□□□□ -0.32
CCDC54Q8NEL0 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC13.08□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms