Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CLEC18A-201ENST00000288040 2155 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SERPINA3-203ENST00000467132 2660 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GOLGA2-212ENST00000609374 2973 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ADAM15-202ENST00000355956 2877 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 KCTD3-201ENST00000259154 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ELN-208ENST00000380575 3043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ARL16-201ENST00000397498 1227 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC004898.1-201ENST00000451057 766 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AP003096.1-203ENST00000564469 563 ntTSL 3 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ARL16-214ENST00000621051 1181 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 FBXL16-201ENST00000324361 3411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 VARS2-211ENST00000541562 3566 ntTSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MINDY2-203ENST00000559228 9238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 WDR1-203ENST00000382452 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 EIF3J-AS1-201ENST00000313807 2863 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MOCS1-205ENST00000373195 2852 ntTSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AL662899.1-201ENST00000461287 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 COL6A3-202ENST00000347401 8625 ntTSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 COL6A3-209ENST00000472056 8628 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 BCAN-201ENST00000329117 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CLCN1-201ENST00000343257 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC092614.1-201ENST00000419640 909 ntTSL 3 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC068152.1-201ENST00000575930 685 ntTSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC128714.1-201ENST00000637035 887 ntBASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC138627.1-207ENST00000641560 1006 ntBASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PCMTD2-207ENST00000609372 1321 ntTSL 4 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ELAVL2-201ENST00000223951 3763 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TGFB1-201ENST00000221930 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AP3M2-201ENST00000174653 3661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GIPC2-201ENST00000370759 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PRR23C-201ENST00000413199 2791 ntAPPRIS P1 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.5 ms