Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC17.27■□□□□ 0.36
LIG1P18858 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
LIG1P18858 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
LIG1P18858 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
LIG1P18858 OBSL1-202ENST00000373873 3297 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AC006262.1-203ENST00000598170 1634 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
LIG1P18858 SYNRG-225ENST00000619541 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
LIG1P18858 DENND4C-209ENST00000602925 6831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
LIG1P18858 TMTC1-207ENST00000552618 3915 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 PHAX-201ENST00000297540 4288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 KDM3A-203ENST00000409556 4928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 C17orf53-201ENST00000245382 2272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 KCNC2-202ENST00000350228 3344 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 PRDM6-201ENST00000407847 9267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CD93-201ENST00000246006 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TRIM65-201ENST00000269383 3439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 IKBKB-217ENST00000520810 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TATDN3-202ENST00000366974 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CDH20-202ENST00000536675 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AKAP2-203ENST00000434623 4400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ITGB2-203ENST00000355153 2913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SC5D-202ENST00000392789 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MSH5-201ENST00000375703 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 NAA60-202ENST00000407558 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 KDELR2-201ENST00000258739 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CEP135-202ENST00000422247 2092 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LOXL3-202ENST00000393937 2398 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CDH16-209ENST00000570262 2604 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LINC01285-201ENST00000412422 2289 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ZFP36L1-201ENST00000336440 3026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LIG1P18858 FBRS-201ENST00000287468 2811 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RSPO3-201ENST00000356698 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 WNT9B-202ENST00000393461 2654 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 PEX5-207ENST00000455147 2689 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SEZ6L-209ENST00000529632 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 C4B-AS1-205ENST00000415626 2095 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 C4A-AS1-204ENST00000458633 2095 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MYO15B-237ENST00000642007 4893 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SLC4A11-202ENST00000380059 3229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ARHGAP36-201ENST00000276211 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LRRFIP1-203ENST00000308482 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ZNF79-202ENST00000543471 2194 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ZNF79-203ENST00000612342 2192 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 GPR37-201ENST00000303921 3021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 UBR5-201ENST00000220959 9418 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SOX21-AS1-201ENST00000438290 3287 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC022447.6-201ENST00000515522 438 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 HDAC9-208ENST00000417496 2524 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ZKSCAN4-201ENST00000377294 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ITGB2-206ENST00000397852 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MPHOSPH10-205ENST00000498451 2068 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TFDP1-201ENST00000375370 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AL662899.1-201ENST00000461287 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms