Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
COL6A1P12109 FOS-201ENST00000303562 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SGCA-201ENST00000262018 1432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MTMR9-202ENST00000526292 1960 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAS-202ENST00000352159 1722 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 COX20P1-201ENST00000366529 357 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AL390778.2-201ENST00000420883 886 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AL512306.1-201ENST00000432698 848 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 OR2R1P-201ENST00000441404 914 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SOX2-OT-208ENST00000477928 902 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM86B3P-203ENST00000523992 854 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ZNF268-210ENST00000541211 781 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC055811.3-201ENST00000584952 686 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AP000322.3-201ENST00000608665 388 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 NOP16-211ENST00000621444 954 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FMR1-215ENST00000616382 1648 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CNBP-201ENST00000422453 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MRPL32-201ENST00000223324 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MMP7-201ENST00000260227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 NPFF-201ENST00000267017 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CALR3-201ENST00000269881 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SLC50A1-202ENST00000368401 1166 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DEFB123-201ENST00000376309 467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 RBM14-204ENST00000409738 372 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SAPCD1-208ENST00000415669 916 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AL137058.1-201ENST00000418237 673 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 RPL35P9-201ENST00000446059 350 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ZNF529-AS1-201ENST00000448373 1004 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AL135901.1-201ENST00000451812 333 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SIX3-AS1-202ENST00000456467 557 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC090825.1-202ENST00000560059 665 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC136944.4-201ENST00000568893 660 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC129507.4-201ENST00000570501 411 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TXNDC17-208ENST00000574838 746 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC012073.1-201ENST00000606114 1108 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC011471.3-201ENST00000623576 402 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ADSL-201ENST00000216194 1620 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 ALG11-203ENST00000523764 1404 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
COL6A1P12109 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.9 ms