Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 KIF1C-201ENST00000320785 7919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 PVR-203ENST00000403059 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 DLX6-202ENST00000518156 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.34
CHD3Q12873 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC12.9□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC12.9□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC4A7-210ENST00000440156 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LRRN1-201ENST00000319331 3823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC126768.2-201ENST00000511693 718 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZSCAN32-210ENST00000573830 668 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ARMC5-205ENST00000563544 3549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZFYVE28-211ENST00000515312 3247 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 RAF1-201ENST00000251849 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
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CHD3Q12873 U62317.3-201ENST00000608319 855 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZBTB32-202ENST00000392197 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RBM46-204ENST00000514866 2315 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RPS6KL1-210ENST00000555647 3309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC004706.4-201ENST00000634965 3537 ntAPPRIS P1 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RAB2A-201ENST00000262646 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LONP1-202ENST00000540670 3002 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GPR153-201ENST00000377893 4082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TSC22D1-211ENST00000501704 4026 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 EIF3M-203ENST00000524896 1207 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC007406.3-201ENST00000537295 1063 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MIR3619-201ENST00000579667 83 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ECM1P1-201ENST00000604092 1279 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC008687.7-202ENST00000637404 953 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
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