Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC025183.3-201ENST00000623526 1482 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 OR3A2-205ENST00000641164 2033 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 GTF3C6-201ENST00000329970 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AL663074.1-201ENST00000436642 299 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 ZNF124-206ENST00000543802 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC007376.2-201ENST00000556271 540 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 ZNF576-202ENST00000391965 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 MAEL-202ENST00000367872 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 ING4-207ENST00000446105 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 LCE3B-201ENST00000335633 288 ntAPPRIS P1 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 TOMM20L-201ENST00000360945 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 CYB561D1-203ENST00000393709 620 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 GSTT2B-202ENST00000404172 819 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 ACYP2-204ENST00000422521 1115 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC156455.1-203ENST00000423999 893 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 LINC00866-201ENST00000427379 418 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 RPS23-204ENST00000507980 836 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 WDYHV1-206ENST00000523356 869 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 MIR4472-1-201ENST00000584349 80 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AP000322.3-201ENST00000608665 388 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 SLC12A5-219ENST00000628272 401 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 RBP1-205ENST00000492918 1487 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 PDE8B-203ENST00000340978 3426 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC015688.4-201ENST00000580780 1647 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 CRYGC-201ENST00000282141 629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 CST1-201ENST00000304749 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 C7orf61-201ENST00000332375 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 MAPK13-202ENST00000373759 1036 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 APOA1-203ENST00000375320 940 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 HCG9-201ENST00000376800 663 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC132803.1-201ENST00000504204 493 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC093909.3-201ENST00000504783 336 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC084752.1-201ENST00000509766 622 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC244250.3-201ENST00000620749 366 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 LACTB2-201ENST00000276590 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 GSTCD-206ENST00000507281 2091 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 TMEM176B-201ENST00000326442 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 LIMS1-201ENST00000332345 1235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 SLC50A1-202ENST00000368401 1166 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 CNRIP1-202ENST00000409559 644 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AL355803.1-201ENST00000455524 188 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AC069208.1-205ENST00000456299 576 ntTSL 4 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 LINC02228-201ENST00000507600 534 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 FAM60A-207ENST00000542983 738 ntTSL 4 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 HIST2H2BF-204ENST00000545683 999 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 SRRM2-205ENST00000570971 1132 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 TREX1-206ENST00000629913 945 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 AL121956.4-201ENST00000629925 581 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 FBXL7-203ENST00000510662 1758 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
SCN9AQ15858 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms