Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 FHL2-206ENST00000408995 1367 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 KRT8P28-201ENST00000433288 1390 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 RASGEF1B-202ENST00000335927 1756 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 SYCN-201ENST00000318438 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC005392.1-201ENST00000419624 500 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 MPC1L-201ENST00000423387 571 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 TNNT2-214ENST00000458432 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC005696.1-201ENST00000572876 443 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC008687.1-201ENST00000591656 786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 UBA52-208ENST00000596304 554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC009560.1-201ENST00000620208 434 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 MIR6858-201ENST00000620733 67 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AL161773.1-201ENST00000624845 863 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC005726.3-202ENST00000577814 1316 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 MIR22HG-201ENST00000334146 1383 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 A1BG-AS1-204ENST00000595302 2130 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AL590440.2-201ENST00000641973 1595 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 TMEM144-209ENST00000509278 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 TOMM22-201ENST00000216034 2040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 CGB1-201ENST00000301407 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC004869.1-201ENST00000440935 540 ntTSL 4 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 DCST1-AS1-201ENST00000452962 822 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 FTH1P22-201ENST00000456305 520 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC091179.2-201ENST00000495536 532 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 PPCDC-205ENST00000563393 1149 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 PPCDC-208ENST00000567336 892 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 HIST1H4A-201ENST00000617569 312 ntAPPRIS P1 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 SLC44A3-209ENST00000532427 1912 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 TEX264-201ENST00000341333 1340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 MRPL37P1-201ENST00000592451 1337 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 PCBP3-201ENST00000400304 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 PCBP3-208ENST00000449640 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 KLHDC8A-203ENST00000460687 1022 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC108199.1-201ENST00000504249 508 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 LINC01598-205ENST00000508763 719 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
CCDC87Q9NVE4 AC114947.1-202ENST00000514136 344 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms