Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 PPM1N-205ENST00000401705 771 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 KRT18P46-201ENST00000435568 1279 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 RPL9-203ENST00000449470 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC011247.2-201ENST00000457097 233 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC095040.1-201ENST00000513286 675 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 RNA5SP406-201ENST00000516106 112 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC105219.2-201ENST00000527908 299 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC010632.2-201ENST00000588369 1224 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC006548.2-201ENST00000605217 529 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 LINC02018-201ENST00000608169 1268 ntTSL 4 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 HELLS-212ENST00000630929 400 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 PSG4-203ENST00000433626 1887 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 TAF8-202ENST00000372978 794 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 MIR566-201ENST00000385187 94 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AL158166.1-201ENST00000433110 371 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AL391415.1-201ENST00000439844 400 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 RNF216P1-212ENST00000493407 659 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 FAM60A-207ENST00000542983 738 ntTSL 4 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 CUTA-203ENST00000374500 937 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 RAD51C-203ENST00000421782 567 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC108462.1-201ENST00000457467 850 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 TREHP1-201ENST00000531328 465 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 USB1-205ENST00000561743 1135 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AP005264.6-204ENST00000588436 719 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 ZNF677-204ENST00000594681 935 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC010976.2-201ENST00000609697 852 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 LINC00244-201ENST00000625073 613 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 ERG-207ENST00000398919 1868 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 LILRA2-203ENST00000391737 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 IQCJ-201ENST00000397832 1460 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 GTF3C2-214ENST00000622534 1858 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 OR2K2-201ENST00000302681 1078 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 APOA1-203ENST00000375320 940 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AL357373.1-201ENST00000394974 322 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 KRTAP2-2-201ENST00000398477 733 ntAPPRIS P2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 GULP1-204ENST00000409637 1242 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 LINC00173-201ENST00000470091 435 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 C3orf38-204ENST00000486971 1259 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC100778.2-201ENST00000580150 483 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 OCEL1-206ENST00000597836 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 RPS5-204ENST00000598098 536 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC006483.2-201ENST00000609813 515 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 SDHAF2-201ENST00000301761 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms