Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HERPUD2Q9BSE4 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HERPUD2Q9BSE4 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HERPUD2Q9BSE4 AP000808.2-201ENST00000542410 569 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HERPUD2Q9BSE4 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HERPUD2Q9BSE4 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
HERPUD2Q9BSE4 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
HERPUD2Q9BSE4 PIGT-203ENST00000372689 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 CCNDBP1-201ENST00000300213 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 TFR2-201ENST00000223051 2888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 ENDOV-206ENST00000518901 2549 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 JKAMP-207ENST00000554271 2137 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 MSH5-201ENST00000375703 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 CELF1-214ENST00000531165 3650 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 LMAN2L-201ENST00000264963 2397 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 SUOX-201ENST00000266971 2364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 DDX41-208ENST00000507955 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 PRPH-201ENST00000257860 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 USP38-202ENST00000510377 4135 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 ABLIM2-209ENST00000505872 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 TYK2-210ENST00000529370 3176 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 SOCS5-202ENST00000394861 4058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 MAPKAP1-204ENST00000373498 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 CRMP1-205ENST00000512574 2764 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 CDIP1-205ENST00000563332 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 FLI1-205ENST00000527786 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 TDP2-201ENST00000341060 2120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 AL035588.1-201ENST00000438967 408 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 NFE2L2-202ENST00000397063 2651 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 AC011474.4-201ENST00000623523 2076 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 ALDH1A3-202ENST00000346623 3104 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 KCNT1-207ENST00000487664 3845 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 LRRC17-202ENST00000339431 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 EXO5-201ENST00000296380 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 NRG2-209ENST00000541337 3723 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 CDH20-201ENST00000262717 3882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 NMNAT3-202ENST00000339837 1863 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 OSGIN1-201ENST00000343939 2391 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 GIT1-211ENST00000581348 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 GRIK5-201ENST00000262895 3493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 NARFL-202ENST00000540986 3212 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 STIP1-203ENST00000358794 2743 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 PSEN2-201ENST00000366782 2465 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 LRRFIP1-204ENST00000392000 3365 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 LINGO1-204ENST00000561030 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 UHRF1-204ENST00000616255 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HERPUD2Q9BSE4 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms