Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RAB43-202ENST00000393304 4230 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 FAM47E-STBD1-204ENST00000515604 3029 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CEP131-203ENST00000450824 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SUGP2-214ENST00000600377 4752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CNOT9-201ENST00000273064 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 DHTKD1-201ENST00000263035 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CCNB1-201ENST00000256442 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CCT3-201ENST00000295688 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AKAP12-204ENST00000402676 8432 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PLEKHN1-202ENST00000379409 2455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 HTR3A-206ENST00000506841 2221 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 OSBPL5-202ENST00000348039 2798 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC087386.2-201ENST00000623212 4637 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RNF222-202ENST00000399398 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SLIT1-201ENST00000266058 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PRR12-203ENST00000615927 4479 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RCSD1-202ENST00000367854 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 FANCG-201ENST00000378643 2631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 OS9-204ENST00000389146 2091 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 BEND6-203ENST00000370748 3497 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MSL2-201ENST00000309993 4692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PHF3-209ENST00000509330 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 VWA5B2-202ENST00000426955 4120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CDK17-201ENST00000261211 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PRKD2-206ENST00000595515 3012 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 VILL-202ENST00000383759 2787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 KCTD10-208ENST00000540089 3096 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CYP1A1-210ENST00000617691 2521 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CRYBG2-201ENST00000308182 5245 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PLIN4-202ENST00000633942 6484 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC004706.4-201ENST00000634965 3537 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 IL6R-201ENST00000344086 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 GRSF1-201ENST00000254799 6666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SPIN3-204ENST00000638257 4835 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ABCA7-202ENST00000433129 6704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 IQCE-201ENST00000325979 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ARID3B-201ENST00000346246 4271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 METTL17-202ENST00000382985 1586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 IL21R-AS1-201ENST00000563191 2615 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 GCLM-204ENST00000615724 3008 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 WIZ-203ENST00000545156 4466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CAB39-201ENST00000258418 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms