Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 LINC00665-205ENST00000585356 1557 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 GK-204ENST00000378945 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 FAH-201ENST00000261755 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 EGOT-201ENST00000414938 1464 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PIGC-201ENST00000344529 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PSG4-203ENST00000433626 1887 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 PPIL3-201ENST00000286175 1370 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 BRMS1-202ENST00000425825 1363 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 FAM90A2P-201ENST00000511144 1395 ntBASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 FAM90A25P-201ENST00000528404 1395 ntBASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
TRIM28Q13263 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 CRYBB1-201ENST00000215939 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 MIR33B-201ENST00000385104 96 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 Z82214.1-201ENST00000419643 988 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 LINC00313-205ENST00000427188 967 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 FKBP11-202ENST00000444214 630 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 FBXO24-204ENST00000465843 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 AC103691.2-201ENST00000618824 433 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 MBD3L2B-201ENST00000636986 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 AC068946.1-202ENST00000318673 2745 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 OR2K2-202ENST00000374428 1038 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 OGFR-AS1-201ENST00000431361 668 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 ZNF124-204ENST00000491356 956 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 RHEB-207ENST00000496004 744 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 AC027237.1-201ENST00000560942 655 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 SGCE-202ENST00000415788 1871 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
TRIM28Q13263 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
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