Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CLIC1-206ENST00000375779 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN32-204ENST00000422427 1267 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AL035588.1-201ENST00000438967 408 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0CP2-201ENST00000469409 207 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 KCNK16-205ENST00000507712 889 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC007406.3-201ENST00000537295 1063 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 GCC1-201ENST00000321407 4149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MAPK14-204ENST00000468133 1376 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 IKZF1-205ENST00000357364 5925 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 EHD4-201ENST00000220325 6416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SPPL2A-201ENST00000261854 7372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PDP1-201ENST00000297598 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SLIT1-201ENST00000266058 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PLEKHD1-201ENST00000322564 4865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC16A1-207ENST00000538576 4374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MEMO1-204ENST00000407893 682 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 REEP1-202ENST00000453231 940 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN32-210ENST00000573830 668 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC092634.5-202ENST00000587736 928 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AL358215.2-201ENST00000639693 946 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 NCKAP5L-201ENST00000335999 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PNPLA6-202ENST00000414982 4522 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 FAM46C-201ENST00000369448 5751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SAP130-201ENST00000259234 4140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PCDHGB7-201ENST00000398594 4765 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 FOXP1-202ENST00000318789 7114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 FOXP1-222ENST00000615603 7140 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PPARGC1B-203ENST00000394320 4803 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RSBN1-201ENST00000261441 6621 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SELENON-203ENST00000374315 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RSBN1-204ENST00000612242 6592 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
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