Protein–RNA interactions for Protein: Q96EP1

CHFR, E3 ubiquitin-protein ligase CHFR, humanhuman

Predictions only

Length 664 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHFRQ96EP1 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 SCP2-217ENST00000640998 1101 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 SLC41A3-211ENST00000508835 1480 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 TMEM106A-202ENST00000541594 1330 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 CELA3B-201ENST00000337107 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 PSMG3-203ENST00000404674 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC083949.1-201ENST00000422013 657 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 FBXO24-204ENST00000465843 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 TALDO1-203ENST00000528097 1231 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AL132639.2-202ENST00000553520 467 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AL645941.3-201ENST00000580587 577 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 SRD5A3-AS1-211ENST00000599135 737 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC012044.1-201ENST00000603431 297 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 MEG3_2.1-201ENST00000611456 105 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 RPL35-206ENST00000629845 340 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 KNSTRN-201ENST00000249776 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 CCDC51-202ENST00000412398 1385 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 EVA1A-202ENST00000393913 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 MYL12B-201ENST00000237500 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 TCEAL6-201ENST00000372773 983 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 LIMS1-206ENST00000414829 439 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC253536.4-201ENST00000440539 267 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 LDHBP1-201ENST00000455730 1119 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 EFCAB10-201ENST00000460135 717 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 LIMS3-205ENST00000487150 782 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 ALG3P1-201ENST00000508806 1114 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CHFRQ96EP1 AC008406.1-201ENST00000509530 541 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.4 ms