Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC126915.1-201ENST00000522847 1038 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LRRC37A6P-204ENST00000575554 573 ntTSL 3 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AL451050.2-201ENST00000606967 682 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 DIO1-215ENST00000610607 796 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MYH11-201ENST00000300036 6029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 USP19-203ENST00000398892 4622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 NEURL1-201ENST00000369780 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TBC1D8-202ENST00000409318 3803 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PIK3CG-201ENST00000359195 5377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MPPED2-202ENST00000448418 5591 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AP000550.1-201ENST00000420508 4833 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 KIAA0319-201ENST00000378214 6802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 UHRF1BP1L-201ENST00000279907 5168 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
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CCDC3Q9BQI4 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ADM-202ENST00000524948 584 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ATP2B3-202ENST00000349466 4280 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
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CCDC3Q9BQI4 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
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CCDC3Q9BQI4 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 STEAP2-202ENST00000394621 7033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LINGO1-204ENST00000561030 2677 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
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