Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AMHR2-201ENST00000257863 1863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LINC01815-202ENST00000641468 1409 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CDC45-202ENST00000404724 1693 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LY86-201ENST00000230568 559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TMEM176B-201ENST00000326442 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 HLA-DMA-203ENST00000395305 777 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AL606748.1-201ENST00000423919 655 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AL365436.2-201ENST00000434112 526 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PTGES3-203ENST00000436399 941 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SNHG14-206ENST00000450809 677 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC245884.1-201ENST00000457113 529 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 RN7SL396P-201ENST00000471086 295 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC233724.6-201ENST00000503184 1088 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC051619.5-201ENST00000559003 736 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MAFTRR-203ENST00000567993 685 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ZNF350-AS1-202ENST00000600253 577 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ZNF772-207ENST00000601768 482 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC011247.3-201ENST00000603297 438 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC073592.2-201ENST00000623062 780 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TMPRSS3-202ENST00000398397 1342 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 C3orf33-205ENST00000534941 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC018629.1-201ENST00000623381 1736 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PLAC8L1-201ENST00000311450 638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 HSPB7-203ENST00000406363 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 KRT18P36-201ENST00000411618 1276 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 HCG27-204ENST00000424675 895 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 GCSHP3-201ENST00000431120 391 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 LINC02557-201ENST00000432249 477 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 FKBP11-202ENST00000444214 630 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CR383656.3-201ENST00000551315 183 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 KRT16P3-202ENST00000580113 1012 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 KRT16P1-203ENST00000581027 1012 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 HKR1-225ENST00000592168 566 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 DBP-202ENST00000593500 712 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC002472.4-201ENST00000641915 272 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 SCAF11-203ENST00000395453 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NDUFB6-203ENST00000379847 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PRPF18-202ENST00000378572 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL6A1P12109 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.2 ms