Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 HSFX2-201ENST00000598963 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CLEC11A-202ENST00000599973 1026 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 PRRC2B-210ENST00000638390 1084 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 SEPT8-212ENST00000458488 1726 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 EYA4-205ENST00000430974 2364 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 TISP43-201ENST00000409793 538 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AL358472.3-201ENST00000608147 415 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CHMP4AQ9BY43 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.3 ms