Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FCGR1B-203ENST00000369384 1044 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC128709.2-201ENST00000438408 558 ntTSL 4 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 Z98752.1-201ENST00000442482 518 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 Z93015.1-201ENST00000451718 390 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 GTF2H2C-215ENST00000514162 610 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC022616.1-201ENST00000518688 554 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CRISPLD2-210ENST00000569090 808 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PAX6-203ENST00000379109 3182 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MPLKIP-201ENST00000306984 7668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 UBE3B-212ENST00000540230 1541 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF618-201ENST00000288466 9109 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FERMT1-201ENST00000217289 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TRAF1-201ENST00000373887 6324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KLHL33-203ENST00000637228 5404 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RAPH1-202ENST00000319170 9808 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 NDC1-201ENST00000371429 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 VAMP1-203ENST00000400911 1068 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 AC120498.1-201ENST00000563593 476 ntTSL 4 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC11.68□□□□□ -0.54
HOXD3P31249 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms