Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TFDP1-201ENST00000375370 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC008894.2-201ENST00000597983 2987 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MAP2K1-201ENST00000307102 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CUL1-201ENST00000325222 3064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF1-202ENST00000347545 3091 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MSH5-201ENST00000375703 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 ATE1-203ENST00000369043 4900 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TDP2-201ENST00000341060 2120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CNOT3-201ENST00000221232 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 KDELR2-201ENST00000258739 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 CCDC32-201ENST00000358005 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 C1orf43-205ENST00000368519 1163 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 RASGEF1C-202ENST00000393371 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 NDRG4-217ENST00000562999 2931 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 VLDLR-202ENST00000382099 3240 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 SGK2-204ENST00000373100 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
LIMA1Q9UHB6 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC16.46■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CHPF2-204ENST00000495645 2709 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC007240.1-201ENST00000641498 1996 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 DUSP18-204ENST00000403268 2920 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TPD52L2-206ENST00000358548 2275 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 KIAA0895L-202ENST00000561621 3500 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ZEB2-225ENST00000558170 4012 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TPM3-206ENST00000330188 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CSRP1-202ENST00000367306 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC005523.2-201ENST00000601192 3568 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 NOX5-203ENST00000448182 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SLC27A3-201ENST00000271857 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LAT2-205ENST00000460943 2527 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AL589669.1-201ENST00000639829 1506 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC010327.5-201ENST00000586923 3061 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TJP3-207ENST00000589378 3068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 FAM198B-203ENST00000585682 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ATP6V1H-201ENST00000355221 2365 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.5 ms