Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 MYH11-201ENST00000300036 6029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 TBCE-202ENST00000406207 2012 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 SPOCK3-201ENST00000357154 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PMPCB-201ENST00000249269 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PITPNM2-201ENST00000280562 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 CAMK2D-205ENST00000394524 5294 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 LRRN1-201ENST00000319331 3823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 ADAM15-202ENST00000355956 2877 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 GPAT2-202ENST00000434632 3061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 OSMR-201ENST00000274276 5539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 FADS2-201ENST00000257261 2964 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 MARC1-201ENST00000366910 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 DLGAP2-215ENST00000637795 3380 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 MAPK4-201ENST00000400384 4770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 FLNC-201ENST00000325888 9188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 EDIL3-201ENST00000296591 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 SPATA6-204ENST00000396199 4964 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PPFIA3-203ENST00000602351 4341 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PRPH-201ENST00000257860 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PEX5-207ENST00000455147 2689 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 ANKRD18A-201ENST00000399703 4041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
SKA3Q8IX90 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms