Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 MINDY2-203ENST00000559228 9238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 SNPH-203ENST00000614659 5354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 JADE2-203ENST00000395003 6465 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 SPRED1-201ENST00000299084 7780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 MYH11-201ENST00000300036 6029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ADGRG2-207ENST00000379869 4768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 COG8-206ENST00000306875 4247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 KIF1A-201ENST00000320389 8832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 KIF3C-201ENST00000264712 5344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 SAPCD2-201ENST00000409687 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 KBTBD12-202ENST00000405109 5727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 UHRF1BP1L-201ENST00000279907 5168 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 GSG1L-203ENST00000447459 4916 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SYNE3Q6ZMZ3 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms