Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 MIR3619-201ENST00000579667 83 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC138627.1-207ENST00000641560 1006 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NTRK2-201ENST00000277120 8633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SPEG-201ENST00000312358 10782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC239800.3-201ENST00000424684 5243 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 COL11A2-203ENST00000374708 6209 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 KRTAP19-9P-201ENST00000421795 191 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC083949.1-202ENST00000458490 552 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL163636.1-201ENST00000554286 915 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC105129.2-201ENST00000559536 390 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LRRC37A6P-204ENST00000575554 573 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MROH1-207ENST00000528919 5234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms