Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AC005523.2-201ENST00000601192 3568 ntTSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
LIG1P18858 PLEKHO2-201ENST00000323544 3720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
LIG1P18858 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
LIG1P18858 CCNF-202ENST00000397066 4283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
LIG1P18858 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
LIG1P18858 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
LIG1P18858 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TMBIM4-202ENST00000358230 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SPECC1-202ENST00000395522 2982 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ABCG1-205ENST00000398449 2998 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PTPN5-204ENST00000396170 3871 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TSPAN18-207ENST00000520358 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TRAPPC8-201ENST00000283351 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 FOXL1-201ENST00000320241 3655 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 BCL2L11-219ENST00000619294 5132 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 INHBA-205ENST00000638023 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SDR42E2-201ENST00000602312 2630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 RAPGEF4-201ENST00000397081 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PSMD9-207ENST00000541212 2784 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ZDHHC3-201ENST00000296127 3101 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MAPT-206ENST00000415613 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 WSCD1-202ENST00000539421 2665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 GAS2L1-209ENST00000618518 3382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CYB5D2-201ENST00000301391 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TBC1D16-209ENST00000576768 6342 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 POLL-206ENST00000370172 2308 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC004890.2-205ENST00000416232 2804 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PHF3-209ENST00000509330 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CXorf36-201ENST00000377934 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SERPINE3-204ENST00000524365 2293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CNPY1-203ENST00000636372 2259 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 HDAC2-206ENST00000519108 2000 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SMOC2-201ENST00000354536 3150 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 TJP3-207ENST00000589378 3068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 NRP2-205ENST00000412873 2730 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ANK1-201ENST00000265709 6379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 FOXD4L5-201ENST00000377420 3109 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 AL391244.1-206ENST00000447725 1843 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 MTRF1L-202ENST00000367231 3539 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 ACER2-201ENST00000340967 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
LIG1P18858 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 89.3 ms