Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXE4

SMPD4, Sphingomyelin phosphodiesterase 4, humanhuman

Predictions only

Length 827 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD4Q9NXE4 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMPD4Q9NXE4 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMPD4Q9NXE4 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMPD4Q9NXE4 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMPD4Q9NXE4 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMPD4Q9NXE4 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMPD4Q9NXE4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SMPD4Q9NXE4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
SMPD4Q9NXE4 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
SMPD4Q9NXE4 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMPD4Q9NXE4 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms