Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
CCDC140Q96MF4 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms