Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
CCDC28AQ8IWP9 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC28AQ8IWP9 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms