Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHD9Q3L8U1 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CHD9Q3L8U1 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHD9Q3L8U1 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
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