Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP4Q13107 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP4Q13107 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP4Q13107 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP4Q13107 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP4Q13107 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP4Q13107 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP4Q13107 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP4Q13107 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP4Q13107 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
USP4Q13107 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP4Q13107 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP4Q13107 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP4Q13107 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
USP4Q13107 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP4Q13107 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
USP4Q13107 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP4Q13107 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP4Q13107 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP4Q13107 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP4Q13107 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP4Q13107 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP4Q13107 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP4Q13107 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP4Q13107 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
USP4Q13107 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP4Q13107 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP4Q13107 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP4Q13107 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
USP4Q13107 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP4Q13107 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP4Q13107 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP4Q13107 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
USP4Q13107 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
USP4Q13107 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP4Q13107 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP4Q13107 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP4Q13107 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP4Q13107 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP4Q13107 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP4Q13107 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
USP4Q13107 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP4Q13107 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP4Q13107 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP4Q13107 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP4Q13107 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP4Q13107 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP4Q13107 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP4Q13107 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP4Q13107 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP4Q13107 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP4Q13107 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP4Q13107 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24■■□□□ 1.43
USP4Q13107 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24■■□□□ 1.43
USP4Q13107 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP4Q13107 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
USP4Q13107 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP4Q13107 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP4Q13107 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP4Q13107 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP4Q13107 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP4Q13107 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP4Q13107 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP4Q13107 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP4Q13107 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP4Q13107 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
USP4Q13107 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP4Q13107 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP4Q13107 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP4Q13107 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP4Q13107 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP4Q13107 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP4Q13107 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP4Q13107 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP4Q13107 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP4Q13107 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP4Q13107 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP4Q13107 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP4Q13107 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP4Q13107 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP4Q13107 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP4Q13107 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP4Q13107 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP4Q13107 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP4Q13107 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP4Q13107 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP4Q13107 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP4Q13107 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP4Q13107 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP4Q13107 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP4Q13107 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP4Q13107 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP4Q13107 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP4Q13107 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP4Q13107 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP4Q13107 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP4Q13107 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP4Q13107 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP4Q13107 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP4Q13107 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
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