Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
LIMS1P48059 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
LIMS1P48059 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms