Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
TNFRSF4P43489 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TNFRSF4P43489 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms