Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC4P31431 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC4P31431 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC4P31431 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC4P31431 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC4P31431 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC4P31431 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC4P31431 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC4P31431 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SDC4P31431 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC4P31431 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC4P31431 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC4P31431 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC4P31431 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SDC4P31431 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC4P31431 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC4P31431 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC4P31431 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC4P31431 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SDC4P31431 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC4P31431 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC4P31431 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC4P31431 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC4P31431 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC4P31431 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SDC4P31431 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SDC4P31431 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SDC4P31431 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SDC4P31431 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SDC4P31431 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SDC4P31431 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SDC4P31431 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SDC4P31431 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
SDC4P31431 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SDC4P31431 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SDC4P31431 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SDC4P31431 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SDC4P31431 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SDC4P31431 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
SDC4P31431 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
SDC4P31431 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC4P31431 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC4P31431 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC4P31431 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC4P31431 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC4P31431 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC4P31431 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC4P31431 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
SDC4P31431 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
SDC4P31431 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SDC4P31431 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SDC4P31431 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
SDC4P31431 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
SDC4P31431 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SDC4P31431 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC23.97■■□□□ 1.43
SDC4P31431 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
SDC4P31431 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
SDC4P31431 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
SDC4P31431 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms