Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

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Length 886 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DDX21-202ENST00000620315 4829 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 KCNT1-207ENST00000487664 3845 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC015656.1-201ENST00000624209 3578 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PML-201ENST00000268058 4508 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SFMBT1-201ENST00000394752 4548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 DDX50-206ENST00000610822 2510 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 HEY1-202ENST00000354724 2293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TMEM230-202ENST00000342308 1562 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 DIAPH2-204ENST00000373054 3376 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LINC00667-206ENST00000582363 2935 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 EVC2-201ENST00000310917 4828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 NIN-202ENST00000324330 4364 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RREB1-202ENST00000349384 7440 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LINC01067-201ENST00000432575 664 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PKIA-202ENST00000396418 4163 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ZNF541-203ENST00000391901 4580 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC138028.2-202ENST00000567968 4528 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AGRN-201ENST00000379370 7323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SPIN3-207ENST00000638386 4461 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ZBED1-201ENST00000381218 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 NRAS-201ENST00000369535 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 EBLN3P-202ENST00000625445 4520 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 DLGAP1-204ENST00000400149 5203 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 FOXP1-202ENST00000318789 7114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 FOXP1-222ENST00000615603 7140 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC113367.3-201ENST00000508316 1912 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 BX640514.1-201ENST00000583223 1918 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 KLF11-205ENST00000535335 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 NEIL2-201ENST00000284503 2671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ZNF30-202ENST00000439785 2651 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MPI-203ENST00000535694 1523 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RNPS1-216ENST00000565678 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 HPGD-202ENST00000296522 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 ANK1-202ENST00000289734 8297 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RDX-218ENST00000544551 4117 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 KCTD3-201ENST00000259154 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 NEK10-206ENST00000429845 4250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ABCB7-202ENST00000339447 2234 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SV2A-201ENST00000369145 2903 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MAP3K4-204ENST00000392142 5490 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
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