Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 SAMD4B-201ENST00000314471 4519 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 OFD1-202ENST00000380550 3296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 CILP2-201ENST00000291495 4199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 EPS8L3-202ENST00000361965 1971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 GAD2-203ENST00000376261 5858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 SCD5-202ENST00000319540 3101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ATP8B3-201ENST00000310127 5095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AMOTL2-201ENST00000249883 4488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TSPEAR-AS2-202ENST00000354333 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 SH3TC2-202ENST00000502274 2681 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TRAF1-201ENST00000373887 6324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TPM3P9-201ENST00000424846 2920 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 SPOCK3-218ENST00000511531 2908 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 FOXO1B-201ENST00000504678 1527 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TRAPPC8-201ENST00000283351 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 FAM213A-205ENST00000606162 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 EGOT-201ENST00000414938 1464 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 MAPRE2-201ENST00000300249 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 KIFC3-204ENST00000465878 3225 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 CSF1-201ENST00000329608 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 GPR132-202ENST00000392585 2887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AP1B1-208ENST00000432560 4146 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 CUX2-201ENST00000261726 6844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ARHGAP36-201ENST00000276211 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 FAM98A-201ENST00000238823 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 NLRP7-209ENST00000592784 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 SYMPK-213ENST00000599460 5449 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ADAM33-201ENST00000350009 3480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 SPPL2B-209ENST00000613503 3456 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 PLEKHD1-201ENST00000322564 4865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 EVC2-201ENST00000310917 4828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 MED15-203ENST00000382974 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 POLRMT-202ENST00000588649 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 KCNG4-201ENST00000308251 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 NMNAT3-203ENST00000413939 1711 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ALOX15B-201ENST00000380173 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 RNF216-202ENST00000389902 3293 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 IGHG3-202ENST00000641136 2751 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 MYH14-201ENST00000262269 3848 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 FLJ40288-201ENST00000332558 1998 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TBC1D16-209ENST00000576768 6342 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 FAM200B-201ENST00000422728 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 COBL-205ENST00000441453 3785 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ABCA2-203ENST00000371605 8151 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TBC1D1-214ENST00000508802 4119 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 PHF24-201ENST00000242315 5718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 MFSD11-217ENST00000590514 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
IFT88Q13099 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms