Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

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Length 886 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SBF1-202ENST00000380817 8008 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PDZD4-201ENST00000164640 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TTC7A-202ENST00000394850 4306 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 VSIR-201ENST00000394957 4689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SRRT-217ENST00000618411 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PEX26-205ENST00000610387 3924 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GOLGA2P7-207ENST00000559668 4253 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 KDM5B-202ENST00000367264 6449 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PPM1B-205ENST00000409432 3025 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ZEB2-225ENST00000558170 4012 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PDE3B-202ENST00000455098 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MAP3K12-201ENST00000267079 4319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SEMA4F-202ENST00000357877 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 UCKL1-AS1-201ENST00000623569 3602 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 FECH-201ENST00000262093 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 ZC3HAV1-203ENST00000464606 4776 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 DMTN-205ENST00000432128 2508 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 IMPACT-201ENST00000284202 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 LIN9-201ENST00000328205 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
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VPS39Q96JC1 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
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