Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 DYDC2-204ENST00000372199 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 CNPY1-203ENST00000636372 2259 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ADI1-201ENST00000327435 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 MBD1-212ENST00000585672 2532 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 NAALADL1-204ENST00000358658 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 VILL-202ENST00000383759 2787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 TOX3-201ENST00000219746 3233 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SCAP-206ENST00000428413 3749 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ZNF74-209ENST00000611540 3714 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CYP20A1-203ENST00000429815 1812 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PLAT-205ENST00000519510 2030 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 APBB1-221ENST00000609360 2642 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NRP2-205ENST00000412873 2730 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FMO5-201ENST00000254090 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NDUFC2-201ENST00000281031 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LINC01285-201ENST00000412422 2289 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ADAM23-202ENST00000374415 2714 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ZNF79-202ENST00000543471 2194 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ZNF79-203ENST00000612342 2192 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CDH1-213ENST00000612417 2068 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ABCG1-201ENST00000343687 3037 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP9-213ENST00000550288 2818 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ZSCAN32-215ENST00000618425 2788 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PRKD1-202ENST00000415220 3189 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 GPR137C-201ENST00000321662 3888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 CDCA2-201ENST00000330560 3731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
LIMA1Q9UHB6 PNPLA3-201ENST00000216180 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.4 ms