Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 FXYD3-208ENST00000604404 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 CRYBB3-201ENST00000215855 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 KRT17P5-201ENST00000332088 839 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 ANG-202ENST00000397990 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 AC063952.3-201ENST00000467756 308 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 AC112487.1-201ENST00000498032 1097 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 GCOM2-201ENST00000509133 1104 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 AL365275.1-201ENST00000518570 471 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 AC004528.1-201ENST00000588380 641 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 FBXL21-202ENST00000467490 1742 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 CUTA-203ENST00000374500 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 GUSBP10-201ENST00000417412 665 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 CSNK1G2P1-201ENST00000442675 955 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 RPL35P9-201ENST00000446059 350 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 CALCA-205ENST00000486207 851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 IGHV1-12-201ENST00000518307 205 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 HERC2P11-201ENST00000562845 725 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 AC100756.2-201ENST00000569537 736 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 RPL13A-213ENST00000621674 1098 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 WHRN-202ENST00000362057 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 MRPL32-201ENST00000223324 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 KRTAP19-5-201ENST00000334151 461 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 DEFB123-201ENST00000376309 467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 FAHD2CP-203ENST00000467292 965 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 ANAPC15-204ENST00000535234 848 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 AC131206.1-201ENST00000538078 1211 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CHD9Q3L8U1 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 G6PD-201ENST00000369620 1799 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 BX284668.5-201ENST00000422124 406 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 LINC01523-201ENST00000425385 450 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
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CHD9Q3L8U1 FOXN3-AS2-201ENST00000554071 1262 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 RN7SL665P-201ENST00000578793 300 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 TMEM258-207ENST00000543510 1692 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
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CHD9Q3L8U1 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 ACTG2-204ENST00000409918 927 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
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CHD9Q3L8U1 PAGE3-202ENST00000519203 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 BANF1-205ENST00000527348 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.127-201ENST00000614914 302 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AP002353.1-201ENST00000528257 1599 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 OXA1L-212ENST00000604262 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 DNMT3L-204ENST00000628202 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 CTBP2P8-201ENST00000422584 1330 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 LAMP5-202ENST00000427562 1309 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 FAM168A-202ENST00000356467 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AP000911.1-202ENST00000532706 543 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC145207.3-201ENST00000576784 529 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AP005212.2-201ENST00000584979 510 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 AC006483.2-201ENST00000609813 515 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CHD9Q3L8U1 CR392039.1-201ENST00000623217 204 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
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