Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
VPS29Q9UBQ0 SLC32A1-201ENST00000217420 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
VPS29Q9UBQ0 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
VPS29Q9UBQ0 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
VPS29Q9UBQ0 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
VPS29Q9UBQ0 ABCG4-205ENST00000619701 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
VPS29Q9UBQ0 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AMPD2-218ENST00000528454 2728 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 SLCO4C1-201ENST00000310954 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AUTS2-218ENST00000615871 4511 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 TPGS2-201ENST00000334295 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 RALGPS2-204ENST00000367635 5834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 IPO8-201ENST00000256079 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 AC023908.3-201ENST00000564211 3047 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
VPS29Q9UBQ0 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms