Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC026904.3-201ENST00000636550 1530 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CELA2B-201ENST00000375910 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 VEGFB-202ENST00000426086 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PIN4P1-201ENST00000451079 396 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LRRC75A-AS1-209ENST00000481027 1016 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 UPK1B-205ENST00000497685 981 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 APOC1P1-201ENST00000507983 630 ntTSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CRTC3-AS1-202ENST00000559531 657 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LRRC75A-AS1-226ENST00000582911 879 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ZNF790-AS1-203ENST00000588906 850 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC025271.4-201ENST00000621477 1726 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 NLE1-202ENST00000442241 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 GPANK1-203ENST00000375896 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AL627422.1-201ENST00000434104 580 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AL591242.1-203ENST00000434329 374 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 HLA-DQB2-232ENST00000437316 1214 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SDHAF2-206ENST00000542074 835 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LINC01629-201ENST00000553613 581 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PPCDC-205ENST00000563393 1149 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TMEM231-206ENST00000565067 1078 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PPCDC-208ENST00000567336 892 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MIR4649-201ENST00000582839 64 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ROPN1-211ENST00000620893 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 RBM4B-206ENST00000531036 1646 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SGCE-204ENST00000428696 1409 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MBP-201ENST00000354542 575 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PPIE-202ENST00000356511 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC026320.2-201ENST00000434379 478 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 BCL2L12-204ENST00000594157 620 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC005041.3-201ENST00000606287 649 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TOMM7-207ENST00000621567 241 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LINC00513-201ENST00000447430 1616 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 GK-204ENST00000378945 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CMTM5-201ENST00000339180 1173 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CMTM5-202ENST00000342473 725 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CMTM5-203ENST00000359320 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CMTM5-205ENST00000397227 818 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SAPCD1-208ENST00000415669 916 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LINC01388-201ENST00000416242 416 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 RPL37A-203ENST00000427280 698 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC012360.1-201ENST00000433219 674 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 RPL37A-206ENST00000456586 401 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CMTM5-208ENST00000555731 831 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC129507.4-201ENST00000570501 411 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 RPL19-207ENST00000582193 792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 RPL37A-211ENST00000598925 775 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PRSS45-202ENST00000620911 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PRKAB1-210ENST00000630317 258 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.1 ms