Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PSMG4-203ENST00000380306 726 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PIK3IP1-202ENST00000402249 999 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AL139412.1-202ENST00000452465 675 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC005234.1-201ENST00000457851 434 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SMIM23-202ENST00000523047 573 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 LINC01629-201ENST00000553613 581 ntTSL 4 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SMIM22-209ENST00000591870 355 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 IRF3-215ENST00000596822 823 ntTSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CR589904.1-202ENST00000611154 660 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 DDX39A-201ENST00000242776 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FOXO4-201ENST00000341558 1353 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ADAMTSL1-204ENST00000380545 1562 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NRSN2-201ENST00000382285 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RN7SL8P-201ENST00000461771 266 ntBASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FAM153B-214ENST00000512862 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC136475.1-202ENST00000602429 1151 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RPL35-206ENST00000629845 340 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 GOLGA8S-201ENST00000562295 1878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CTSW-204ENST00000528419 1341 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PON3-201ENST00000265627 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RPS16-202ENST00000339471 643 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AP1B1P1-201ENST00000432373 827 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms