Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 CSNK2B-201ENST00000375865 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 IGLC7-201ENST00000390331 441 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 DEF8-202ENST00000418391 852 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AL157392.3-216ENST00000437446 462 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 OARD1-204ENST00000464633 717 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 RPL18P13-201ENST00000478088 569 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 PCOLCE-201ENST00000223061 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SALL4P5-201ENST00000419001 1760 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 CHIA-206ENST00000430615 1320 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SEC13-208ENST00000397109 1467 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 ZNRD1ASP-217ENST00000437417 1497 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 ELAVL1-205ENST00000596459 1473 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 RGS10-202ENST00000369103 804 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 DKFZp779M0652-201ENST00000378779 649 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 VDAC1P1-201ENST00000439229 848 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AGTRAP-212ENST00000510878 849 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SELENOW-216ENST00000612212 875 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 MAGEA4-205ENST00000393920 1721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SEPT8-212ENST00000458488 1726 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 RBFOX2-201ENST00000262829 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 CLIC5-208ENST00000544153 2051 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 WASHC3-201ENST00000240079 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 H2AFV-206ENST00000437072 589 ntTSL 4 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 BANF1-202ENST00000445560 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 PENK-202ENST00000451791 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 MT1H-202ENST00000569155 697 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AC026740.1-201ENST00000607068 791 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
TRIM28Q13263 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
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