Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CLIP3Q96DZ5 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.7 ms