Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC20.03■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
CCDC54Q8NEL0 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.79
CCDC54Q8NEL0 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms