Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
VPS53Q5VIR6 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC27.82■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
VPS53Q5VIR6 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS53Q5VIR6 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms