Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.963e-8■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.94e-6■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 ITGAV-201ENST00000261023 7030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.584e-6■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 ITGAV-204ENST00000433736 3288 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC6.74□□□□□ -1.334e-6■■■■□ 21.8
U2AF1Q01081 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.728e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.78e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.788e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.938e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.698e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ARHGEF7-211ENST00000466143 1681 ntTSL 518.22■□□□□ 0.518e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ARHGEF7-201ENST00000218789 5233 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.518e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ARHGEF7-219ENST00000544132 766 ntTSL 217.12■□□□□ 0.338e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ARHGEF7-213ENST00000469877 1501 ntTSL 216.19■□□□□ 0.188e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 CELF1-207ENST00000524648 393 ntTSL 211.85□□□□□ -0.518e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ARHGEF7-203ENST00000375723 4957 ntTSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.558e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ARHGEF7-208ENST00000426073 4921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.88e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 DOCK5-201ENST00000276440 10075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.06□□□□□ -0.88e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 DOCK5-205ENST00000467709 4844 ntTSL 59.13□□□□□ -0.958e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 LUC7L2-201ENST00000263545 2287 ntTSL 5 BASIC8.89□□□□□ -0.998e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 LUC7L2-205ENST00000463912 2382 ntTSL 28.49□□□□□ -1.058e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 CELF1-220ENST00000539455 800 ntTSL 57.09□□□□□ -1.278e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SEC63-207ENST00000466419 606 ntTSL 35.14□□□□□ -1.597e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 LUC7L2-207ENST00000498518 2837 ntTSL 24.82□□□□□ -1.648e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ZNF432-204ENST00000598446 862 ntTSL 324.48■■□□□ 1.515e-20■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ZNF841-204ENST00000594440 721 ntTSL 311.75□□□□□ -0.535e-20■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ZNF841-203ENST00000594295 3819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC9.96□□□□□ -0.815e-20■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ZNF841-202ENST00000426391 3620 ntTSL 2 BASIC9.52□□□□□ -0.885e-20■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TCF25-207ENST00000562256 1879 ntTSL 1 (best)23.46■■□□□ 1.352e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.892e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TCF25-226ENST00000640279 2688 ntTSL 520.25■□□□□ 0.835e-8■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.782e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 COBLL1-206ENST00000434366 519 ntTSL 524.21■■□□□ 1.479e-7■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 STAG2-215ENST00000469481 989 ntTSL 320.79■□□□□ 0.928e-8■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 STAG2-201ENST00000218089 5218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.07□□□□□ -0.968e-8■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 STAG2-202ENST00000371144 4281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.86□□□□□ -1.158e-8■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 STAG2-203ENST00000371145 4393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.44□□□□□ -1.388e-8■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 STAG2-205ENST00000371160 6045 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.29□□□□□ -1.48e-8■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 STAG2-204ENST00000371157 5991 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.92□□□□□ -1.468e-8■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ECT2-206ENST00000417960 4363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.59□□□□□ -0.884e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ECT2-201ENST00000232458 4087 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.41□□□□□ -0.94e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ECT2-216ENST00000540509 4406 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC8.38□□□□□ -1.074e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ECT2-204ENST00000392692 4158 ntTSL 1 (best) BASIC5.13□□□□□ -1.594e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ECT2-212ENST00000444250 627 ntTSL 34.88□□□□□ -1.634e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ECT2-211ENST00000441497 2825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.71□□□□□ -1.824e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 NRBP2-208ENST00000532940 1782 ntTSL 1 (best)31.96■■■□□ 2.712e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.61■■■□□ 2.652e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 NRBP2-210ENST00000533846 1623 ntTSL 1 (best)31.13■■■□□ 2.572e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.232e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 CYHR1-212ENST00000533764 853 ntTSL 228.88■■■□□ 2.212e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.196e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.172e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.036e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SS18-224ENST00000584083 663 ntTSL 427.34■■□□□ 1.972e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SS18-218ENST00000581021 588 ntTSL 426.98■■□□□ 1.912e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.812e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.812e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SS18-209ENST00000578595 406 ntTSL 326.09■■□□□ 1.772e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.752e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 NRBP2-206ENST00000530347 1037 ntTSL 525.91■■□□□ 1.742e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.732e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SS18-208ENST00000577751 580 ntTSL 425.86■■□□□ 1.732e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.622e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-224ENST00000560615 570 ntTSL 324.73■■□□□ 1.556e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.556e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 CYHR1-205ENST00000524623 592 ntTSL 1 (best)24.66■■□□□ 1.542e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.462e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.432e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.396e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.396e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 CYHR1-210ENST00000530637 581 ntTSL 323.36■■□□□ 1.332e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-214ENST00000558544 1399 ntTSL 523.33■■□□□ 1.336e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 CYHR1-206ENST00000526887 1012 ntTSL 323.21■■□□□ 1.312e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 POLR3E-211ENST00000564750 2327 ntTSL 222.71■■□□□ 1.232e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.226e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 LMBR1-206ENST00000430825 1208 ntTSL 522.36■■□□□ 1.172e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.162e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.142e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.149e-12■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.142e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.116e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.092e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.082e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 NRBP2-209ENST00000533093 3877 ntTSL 1 (best)21.66■■□□□ 1.062e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.066e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 NRBP2-204ENST00000529747 3693 ntTSL 221.57■■□□□ 1.042e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SS18-211ENST00000578954 756 ntTSL 321.49■■□□□ 1.032e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SS18-226ENST00000585241 774 ntTSL 521.49■■□□□ 1.032e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ALG2-201ENST00000238477 2966 ntTSL 221.39■■□□□ 1.012e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TMEM138-205ENST00000507563 1134 ntTSL 221.2■□□□□ 0.989e-12■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.922e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SS18-216ENST00000580751 547 ntTSL 420.69■□□□□ 0.92e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-228ENST00000560975 2855 ntTSL 520.62■□□□□ 0.896e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.886e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.872e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 ACCS-208ENST00000531505 913 ntTSL 320.43■□□□□ 0.862e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.856e-9■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SS18-206ENST00000577572 510 ntTSL 420.28■□□□□ 0.842e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SS18-215ENST00000580642 545 ntTSL 420.28■□□□□ 0.842e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 SS18-212ENST00000579061 646 ntTSL 319.84■□□□□ 0.772e-6■■■■□ 21.7
U2AF1Q01081 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.712e-6■■■■□ 21.7
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 53.7 ms