Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
LIG3P49916 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24■■□□□ 1.43
LIG3P49916 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
LIG3P49916 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIG3P49916 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIG3P49916 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIG3P49916 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIG3P49916 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIG3P49916 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIG3P49916 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIG3P49916 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIG3P49916 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIG3P49916 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIG3P49916 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIG3P49916 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIG3P49916 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIG3P49916 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIG3P49916 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIG3P49916 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIG3P49916 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
LIG3P49916 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIG3P49916 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIG3P49916 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIG3P49916 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIG3P49916 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIG3P49916 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
LIG3P49916 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIG3P49916 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIG3P49916 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIG3P49916 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIG3P49916 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIG3P49916 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIG3P49916 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIG3P49916 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIG3P49916 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG3P49916 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG3P49916 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG3P49916 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG3P49916 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG3P49916 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG3P49916 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG3P49916 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG3P49916 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG3P49916 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG3P49916 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG3P49916 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG3P49916 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG3P49916 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG3P49916 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG3P49916 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG3P49916 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG3P49916 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG3P49916 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG3P49916 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG3P49916 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG3P49916 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG3P49916 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG3P49916 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG3P49916 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG3P49916 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG3P49916 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIG3P49916 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIG3P49916 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIG3P49916 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIG3P49916 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG3P49916 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG3P49916 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG3P49916 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms