Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
PTPN9P43378 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
PTPN9P43378 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
PTPN9P43378 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms