Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SHOX2O60902 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SHOX2O60902 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms