Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 NRP2-203ENST00000357785 2926 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM230-202ENST00000342308 1562 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MAGEA2-209ENST00000623806 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TEAD3-201ENST00000338863 2983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PMS1-221ENST00000624204 3417 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC139749.1-202ENST00000617529 3139 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ALOX15-202ENST00000570836 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 HEY1-202ENST00000354724 2293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 WDR20-203ENST00000335263 2616 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC113367.3-201ENST00000508316 1912 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 OPCML-IT1-201ENST00000533859 2936 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SLCO6A1-205ENST00000506729 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2H2C-210ENST00000510979 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL13P-202ENST00000438251 2738 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SRRT-217ENST00000618411 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms